研究所长期从事船舶导航技术研究，形成了“高精度惯性器件及系统技术”、“先进海洋测绘技术及仪器”、“现代船舶航海技术与系统”特色研究方向。目前，研究所分为航海技术研究部，惯性技术研究部及海洋技术研究部三个研究部门。
Ø航海技术部是我所传统优势技术方向，主要研究方向包括船舶系统信息化、智能航海、智慧海事等。船舶系统信息化方向主要研究船用航海工作台、航迹标绘控制仪、IBS系统；智能航海方向主要研究无人船任务规划系统 、基于性能导航技术、极区航海作业技术；智慧海事方向主要研究E-航海技术、北斗精密定位系统技术、智能船舶信息服务系统。
Ø惯性技术部是我所核心技术方向，主要研究方向包括新型惯性器件研究，惯性导航系统技术及理论研究，地球物理场辅助导航方法研究，惯性测量技术及理论，多传感器信息融合理论研究，导航系统性能评估方法，定姿方法与控制理论研究等。
Ø海洋技术研究部以现代船舶及海上平台对海洋环境信息的需求为牵引，致力于信息海洋学理论及相关技术方面的科研工作，主要研究方向包括信息海洋学相关理论基础研究、海洋环境监测处理技术研究、海洋环境分析与预报技术研究、海洋环境解释与应用技术研究。
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