学院具有深厚的历史底蕴，是在原中国人民解放军军事工程学院（简称“哈军工”）时期海军工程系“海道测量”、“船舶电器自动化”、“武备自动化”和“导弹发射装置”4个专业的基础上发展起来的。1998年，由原哈尔滨船舶工程学院的自动控制系、航天工程系导弹控制专业和系统工程研究室组建成立自动化学院，2020年成立智能科学与工程学院。

哈军工海军工程系创建的船电专业，在当时全国高等院校中为首创。船电专业自1955年开始招生，1960年电气设备专科内筹建“舰艇导弹发射装置”专业；1970年在发射装置专业及减摇鳍科研组的基础上，形成武器及船舶船舶控制的自动控制性质的专业——“舰船武器装备自动控制”专业；1975年10月六机部决定401、403专业合并，并将船电专业名称改为“船舶及船厂电气化自动化”专业；1986年2月根据中国船舶工业总公司船人[1986]59号文件，增设“工业电气自动化”本科专业；1991年7月国家教委批准船院32个本科专业，其中包括工业电气自动化，自动控制等本科专业。

学院1965年开始招收硕士研究生，1981年国务院学位委员会第一批批准哈船院“陀螺导航设备”专业有硕士学位授予权；1990年获批“控制理论与控制工程”国家二级博士点授予权学科；1993年获批“导航、制导与控制”国家二级博士点授予权学科；1998年获批“控制科学与工程”国家一级博士点授予权学科和一级学科博士后科研流动站；2001年“导航、制导与控制”获批国家重点学科；2011年“控制科学与工程”在黑龙江省重点学科评估结果为优秀；2012年“控制科学与工程”学科在教育部第三轮学科评估整体水平位次并列第17（位次百分位为20.5%）。

学院的科研工作具有辉煌的历史，我国第一套船用惯性导航系统（南惯导）、第一套套陀螺单轴稳定器、第一套减摇鳍、第一套套船用平台罗经均诞生于此。成立自动化学院以后又先后研制了我国首套舰船组合导航系统，我国海军舰船第一个装备的光学陀螺导航系统，我国首套潜用嵌入式航行操纵训练设备，我国第一套海军战役机动导航系统，我国第一条“双工型”沉雷探测和打捞潜器，我国首套自主开发的减摇鳍，是我国唯一具有减摇鳍出口能力的单位。研制开发了我国首套动力定位系统，创建了世界上第四家、国内目前唯一能生产动力定位产品的研发基地。

照片说明：军事工程学院海军工程系三期舰船电气设备专业，也是海军工程系舰船电气设备专业最早一期毕业生，当时名称为3312班，即后来的55381班.

照片说明：哈军工和哈船院时期我院教师参与完成的部分科研项目

（左上）7103深潜救生艇调放入海。（右上）主推进控制逆变器壳体和主电路元、部件安装图。

（左下）五台推进控制逆变器的总控制台。（右下）部分推进控制逆变器在固壳外的安装状态。