电气工程研究所起源于“哈军工”时期的船舶电气设备专业，依托学校“三海一核”领域的优势，着力发展电力电子与电力传动和电力系统及其自动化。研究所主要研究方向为电力变换装置与电力传动、可再生能源发电及储能技术、船舶移动微电网设计与优化、集成电机推进器节能与噪声抑制。现有教师13人，其中正高级职称5人，副高级职称6人。
研究所拥有电气工程一级学科硕士学位授予权，黑龙江省重点学科，学科面向船海电气工程领域，培养高级研究及应用型科技人才。学科拥有“特种运载平台先进电能变换与能量管理技术工业和信息化部重点实验室”和“水力发电设备全国重点实验室”。
研究所实现我国首条深潜救生艇的联合电力推进系统、亚洲首座潮流电站的电能转换和控制系统（国家“863”项目）、多模块并联大功率专用电力变换装置等。近年发表的核心刊物以上学术论文数百篇，国家发明专利百余项、软件著作权多项，出版教材（专著）9部，承担国家自然基金5项，承担省部级项目及横向课题数十项。
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