智能系统研究所前身为智能控制研究所和智能系统与生物信息研究所。研究所主要研究方向为智能船舶、数字孪生、智能机器人、人工智能、水声信号处理、生物医学工程等。现有教师34人，其中正高级职称11人，副高级职称13人。
研究所承建教育部“船海装备智能化技术与应用”重点实验室、工信部“船舶智能系统与技术”重点实验室、黑龙江省环境智能感知重点实验室、黑龙江省船舶智能导航与控制协同创新中心。
研究所近年来承担国家自然基金10余项、工信部“智能船舶研发专项”3项、科技部“综合交通运输与智能交通”重点课题1项、科技部国际合作项目1项、其它省部级项目10余项。近5年获国家科技进步二等奖1项、省部级科技进步一等奖2项、二等奖5项；发表论文300余篇，SCI检索100余篇、EI检索200余篇；出版专著10部、教材5部。
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