智能科学与工程学院前身为“哈军工”海军工程系海道测量与领航设备教研室和舰船电气设备教研室，1970年成立自动控制系，1998年成立自动化学院，2020年更名为智能科学与工程学院。2019年，学院荣获“全国教育系统先进集体”，2020年，学院团委荣获“全国五四红旗团委”。

学院拥有一流的教学科研环境。现有国家级重点实验室、国家级实验教学示范中心、国家地方联合工程研究中心、国家级工程实践教育中心、国家级虚拟教研室、教育部重点实验室、教育部工程研究中心、工业和信息化部重点实验室等共计15个国家和省部级教学科研平台。学院与华为、大疆创新、西门子、菲尼克斯、罗克韦尔、飞思卡尔、安谋科技等世界顶级科技企业共建10余个联合实验室和产教融合协同育人基地。

学院拥有一流的教学质量和雄厚的师资力量，现有专任教师172名，其中正高职48名，副高职62名。教师中有中国工程院院士、英国皇家工程院院、加拿大工程院院士、欧洲科学院院士4人，“何梁何利基金”科技进步奖获得者1人，教育部人才4人，国家级人才5人、国家级青年人才8人，全国模范教师1人,其他省部级人才近30人。学院拥有国家重点领域科技创新团队、全国高校“黄大年”式教师团队、国家级科技工业突出贡献团队、国家级科技创新团队2个、工信部研究型教学创新团队、黑龙江省团队2个、黑龙江省人才梯队、黑龙江省教学团队和优秀研究生导师团队等多个优秀师资团队。

学院人才培养工作扎实，现有在读学生3716人，其中本科生1978人，博士、硕士研究生1738人，攻读学位留学生近30人。学院设有自动化、测控技术与仪器、电气工程及其自动化、探测制导与控制技术、机器人工程和人工智能六个本科专业，其中自动化、测控技术与仪器、电气工程及其自动化、探测制导与控制技术、机器人工程专业入选国家一流专业建设点，自动化、测控技术与仪器专业入选教育部“卓越工程师计划”专业。学院设有“控制科学与工程”“仪器科学与技术”与“电气工程”三个一级学科，其中“控制科学与工程”和“仪器科学与技术”设有博士点和博士后科研流动站。“控制科学与工程”学科是我国最早面向舰船领域的控制学科，也是目前国内导航与控制领域最具“船海”特色的一级学科，在全国高校第四轮学科评估中获得A-评价（全国并列第9名），其下设“导航、制导与控制”二级学科是国家重点学科、首批国防重点学科。

近年来，学院教学成果突出，获得国家级教育教学成果二等奖2项、黑龙江省高等教育教学成果特等奖3项、一等奖5项，建有国家一流课程10门，国家级精品视频公开课、国家级网络教育精品资源共享课、国家精品在线开放课程等省部级以上精品课程15门。

多年来，学院毕业生总供需比一直保持在1:3以上，本科毕业生初次就业率一直保持在95%以上，毕业研究生中45%以上在国家部委系统内就业。不仅船舶、航空、航天、兵器、核工业等国家部委工业集团一直把学院作为吸收优秀毕业生的优先选择，同时学院毕业生也备受华为、中兴、腾讯、百度等世界顶级企业的青睐。学院毕业生精英辈出，中国科学院段广仁院士，中国工程院臧克茂院士、刘合院士，加拿大工程院杨春生院士，海军少将黄文斌、陆铭华、黄新建，教育部副部长孙尧，中央纪委国家监委驻教育部纪检监察组组长王承文，安徽省委常委、副省长张红文，浙江省人大常委会副主任刘忻，百度技术委员会主席吴华，哈尔滨理工大学党委书记赵琳，哈尔滨理工大学校长刘侠，北京耐威科技股份有限公司董事长杨云春等都是学院杰出校友代表。

学院科研特色鲜明，始终面向船舶与海洋工程领域，坚持服务国家科技自立自强、海洋强国战略，成功研制我国首套船用组合导航系统、首套航海用光学惯性导航仪器、首套海洋无线电导航系统、首套大型船舶安全仿真评估验证系统、首艘无人系统、首套动力定位系统、首套零航速减摇鳍等重大科研成果，为我国船舶工业和船舶装备建设做出了不可替代的突出贡献。

近五年，学院承担国家重点研发计划、国家自然科学基金、国家重点科研等各类国家级、省部级和横向课题1500余项，累计科研经费超过15亿元；获全国创新争先奖、国家级科技工业突出贡献奖、杰出人才奖，获省部级及以上科技奖励21项，其中国家科学技术进步二等奖2项，国家级科技进步特等奖1项、一等奖5项，其他省部级一等奖2项；累计发表高水平学术论文2500余篇，获授权国家发明专利500余项。

学院秉承开放包容理念，多渠道、多层次开展国际交流与合作。学院与德国慕尼黑工业大学、英国剑桥大学、帝国理工学院、爱丁堡大学、纽卡斯尔大学、萨里大学、澳大利亚悉尼大学、墨尔本大学、阿德莱德大学、加拿大卡尔加里大学、麦吉尔达大学、丹麦奥尔堡大学、比利时根特大学等众多国际顶尖高校开展多层次人才培养及科研合作联系。学院每年主办、承办等多项国际和全国性学术会议，邀请国内外专家交流百余人次。